Στις 11 Φεβρουαρίου 1959 ξεκινά στην Αθήνα η δίκη του Μαξ Μέρτεν, του πρώην ναζί αξιωματούχου που υπηρέτησε στη Θεσσαλονίκη την περίοδο 1942-1944 ως σύμβουλος της στρατιωτικής διοίκησης. Ο Μέρτεν θεωρήθηκε ένας από τους βασικούς υπευθύνους για την εξόντωση της εβραϊκής κοινότητας της πόλης, καθώς υπέγραψε τη μεταφορά περίπου 50.000 Εβραίων στο στρατόπεδο συγκέντρωσης του Άουσβιτς και είχε καθοριστικό ρόλο στην αρπαγή των περιουσιών τους, συνολικής αξίας που ξεπερνούσε τα 125 εκατομμύρια χρυσά φράγκα.
Η σύλληψή του είχε γίνει τον Μάιο του 1957 στην Αθήνα. Τον Μάρτιο του 1958 εκδόθηκε το παραπεμπτικό βούλευμα και η δίκη ορίστηκε για τον Φεβρουάριο του 1959. Το Ειδικό Στρατοδικείο Εγκληματιών Πολέμου τον καταδίκασε σε ποινές που κυμαίνονταν από 6 έως 20 χρόνια κάθειρξης για σειρά εγκλημάτων, μεταξύ των οποίων παράνομες φυλακίσεις, εγκλεισμούς σε στρατόπεδα συγκέντρωσης, φόνους, θανάτους από ασιτία, δημιουργία γκέτο σε βάρος 56.000 Ισραηλιτών, καταστροφή του εβραϊκού νεκροταφείου Θεσσαλονίκης και εκτοπισμό δεκάδων χιλιάδων ανθρώπων στα ναζιστικά στρατόπεδα.
Ωστόσο, η υπόθεση δεν έμελλε να κλείσει με την καταδίκη. Έπειτα από έντονες πιέσεις της Δυτικής Γερμανίας, η κυβέρνηση Καραμανλή τροποποίησε το νομοθετικό πλαίσιο (Ν.Δ. 3933/1959) που αφορούσε τη δίωξη Γερμανών υπηκόων ως εγκληματιών πολέμου. Παρά τις αρχικές διαβεβαιώσεις ότι η περίπτωση Μέρτεν εξαιρείται, τον Νοέμβριο του 1959 ο πρώην ναζί αποφυλακίστηκε και απελάθηκε στη Γερμανία με την προϋπόθεση να εκτίσει εκεί την ποινή του. Τα γερμανικά δικαστήρια, ωστόσο, τον απάλλαξαν πλήρως «ελλείψει στοιχείων».
Το πολιτικό παρασκήνιο υπήρξε έντονο. Κατά την επίσκεψη του πρωθυπουργού Κωνσταντίνου Καραμανλή και του υπουργού Εξωτερικών Ευάγγελου Αβέρωφ στη Δυτική Γερμανία, το φθινόπωρο του 1958, το ζήτημα της δίωξης Γερμανών εγκληματιών πολέμου φέρεται να τέθηκε στο πλαίσιο των ευρύτερων οικονομικών σχέσεων των δύο χωρών. Η Δυτική Γερμανία επιδίωκε τη διείσδυση του κεφαλαίου της στην ελληνική οικονομία, ενώ σύμφωνα με καταγγελίες της εποχής, υπήρξε άτυπη συμφωνία για την αναστολή διώξεων, με αντάλλαγμα οικονομικά οφέλη.
Η «υπόθεση Μέρτεν» πυροδότησε πολιτική θύελλα. Στις 16 Οκτωβρίου 1960, κατά τη διάρκεια θυελλώδους συνεδρίασης στη Βουλή, σημειώθηκαν συμπλοκές μεταξύ βουλευτών της κυβερνητικής ΕΡΕ και της αξιωματικής αντιπολίτευσης, της ΕΔΑ, με αποτέλεσμα τη διακοπή της συνεδρίασης. Το κλίμα είχε ήδη επιβαρυνθεί από δημοσιεύματα γερμανικών μέσων, όπως η «Ηχώ του Αμβούργου» και το «Der Spiegel», που φιλοξενούσαν ισχυρισμούς του Μέρτεν περί συνεργασίας Ελλήνων πολιτικών με τις κατοχικές αρχές. Η ελληνική κυβέρνηση απέρριψε κατηγορηματικά τις αναφορές, αποφεύγοντας ωστόσο να δώσει αναλυτικές απαντήσεις στα ερωτήματα που διατυπώνονταν.
Η υπόθεση Μέρτεν δεν αποτέλεσε μόνο μια δίκη εγκληματία πολέμου, αλλά εξελίχθηκε σε μείζον πολιτικό ζήτημα της μεταπολεμικής Ελλάδας, αναδεικνύοντας τα όρια της απονομής δικαιοσύνης, τις πιέσεις του Ψυχρού Πολέμου και τις σύνθετες ισορροπίες στις ελληνογερμανικές σχέσεις της εποχής. Παραμένει μέχρι σήμερα μια από τις πιο αμφιλεγόμενες και φορτισμένες σελίδες της σύγχρονης πολιτικής ιστορίας.
